アトピーには弱酸性の殺菌剤がよいということは、黄色ブドウ球菌の方が
常在菌より酸に弱いという理解でいいのでしょうか？

米満様

その理解で結構です。
黄色ブドウ球菌群は中性で棲息します。
多くの外敵は、空気中に棲息する中性かアルカリ性の物質ですので、
皮膚での防衛は、弱酸性のph5を維持しながら体を守っています。